I Piętro
Na piętrze znajdują się cele zakonne rozmieszczone wzdłuż korytarza. W skrzydle południowo-zachodnim, nad krużgankiem znajdowały się pomieszczenia o innej funkcji, niestety tylko częściowo zachowany został pierwotny układ tych wnętrz. Po obydwu stronach do wieży przylegały duże czteroprzęsłowe sale, zajmujące całą szerokość i pół długości (każda) skrzydła klasztornego. W jednej z nich, przylegającej do wschodniej ściany wieży mieściła się biblioteka przykryta czteroprzęsłowym sklepieniem klasztornym z lunetami posiadająca okienko szklone w ołowiu, wychodzące do prezbiterium kościoła. Obecnie w pomieszczeniu mieści się kaplica z polichromią z 1978 r. wykonaną przez Małgorzatę Zubrzycką w latach 1979-1980. Nadal zachowało się okienko z ołowianymi podziałami.
Z kaplicy jest przejście do małego pomieszczenia z małym kwadratowym świetlikiem, przylegającego do niej od wschodu. Jest to dawna cela dla pokutujących za swe przewinienia zakonników – karcer. Pomieszczenie jest sklepione, w ścianie przylegającej do krużganków. Zachowało się wyryte w tynku linearne przedstawienie postaci klęczącej i modlącej się z uniesionymi rękoma do Trójcy Przenajświętszej i napis: Locus misericordiae solus Deus solamen. Zachowały się też inne napisy po łacinie i w języku polskim, niektóre doskonale zachowane. W pomieszczeniu tym znajduje się polichromowana rzeźba barokowa Immaculaty i XVIII-wieczna drewniana polichromowana skrzynia na ubrania.
W południowo-zachodnim skrzydle klasztoru (nad krużgankami), po drugiej stronie wieży w części północno-zachodniej, bezpośrednio przy wieży, urządzony był tzw. pokój biskupi. Prawdopodobnie zaprojektowany został jako lustrzane odbicie ówczesnej biblioteki (obok kaplicy) i istniał w takim układzie do czasów przebudowy klasztoru w latach 1864-1865. W 1932 r. największe pomieszczenie przy wieży pełniło funkcje kaplicy chorych a mniejsze cele przeznaczono dla rekolektantów. Ten podział pomieszczeń zachowany został do dziś. W pokoju przylegającym na całej szerokości skrzydła do wieży zachowało się okienko wychodzące do prezbiterium.
Skrzydło północno-wschodnie klasztoru mieści na pierwszym piętrze w narożniku północnym duży pokój, to prawdopodobnie wspomniany w monografii A. Boenigka Pokój Dyrektora opisany również na planie Jestera z 1862 r. O takiej funkcji pomieszczenia świadczy nie tylko wielkość sali, lecz również wystrój bogatszy niż w pozostałych pokojach i odmienny styl, zwłaszcza wyszukanego zdobnictwa płycin drzwi i okiennic wskazujący na fascynację ornamentyką z pocz. XX w. To pozwala wiązać powstanie pokoju (lub tylko istniejący wystrój) z przebudową w 1909 roku. W pokoju znajduje się piec kaflowy, z białych prostych kafli zwieńczony wydatnym, ozdobnym gzymsem szkliwionym, z motywami palmet i liści akantu układających się w esownice.
II Piętro
Drugie piętro klasztoru zostało dobudowane do istniejącego budynku w 1909 roku wg projektu architekta Boltena z Królewca. Początkowo po nadbudowaniu II piętra w tej części budynku klasztornego mieściły się pokoje gościnnego dla uczestników rekolekcji, które były prowadzone dla młodzieży, nauczycieli, wychowawców i kapłanów w I połowie XX wieku. Obecnie na II piętrze klasztoru znajduje się dom pielgrzyma, w którym można zatrzymać się na nocleg.
Opracowanie:
Ks. Wojciech Sokołowski MIC - Kustosz Sanktuarium
