Sanktuarium położone jest z dala od istniejących ostoi przyrody Natura 2000. Najbliżej obiektu położona ptasia ostoja przyrody Natura 2000 o nazwie Ostoja Warmińska. Znajduje się ona około 10 km na północ od Stoczka Klasztornego. Ostoja Warmińska została utworzona przede wszystkim dla ochrony jednego gatunku: bociana białego, którego populacja osiąga tu największą liczebność i największe zagęszczenie w kraju. Pozostałe ostoje przyrody Natura 2000 znajdują się w odległości około 20 km i więcej od sanktuarium.
Sanktuarium znajduje się na Szlaku turystyczno-pielgrzymkowym „Święte Miejsca Warmii”. Najbardziej znane obiekty na szlaku to: Stoczek Klasztorny, Krosno, Chwalęcin, Głotowo, Gietrzwałd i Święta Lipka(na granicy Warmii i Mazur).W naturalnym układzie tworzą wymienione obiekty kultu religijnego pątniczy szlak i stanowią także ciekawy szlak turystyczny z bogatą historią.
Na ternie gminy Lidzbark Warmiński znajduje się 6 Szlaków Rowerowych o łącznej długości 762 km. Jeden ze Szlaków Rowerowych o długości 36 km prowadzi z Lidzbarka Warmińskiego do Stoczka Klasztornego.
Stoczkowskie Sanktuarium znajduje się również na Wschodnim Szlaku Rowerowym „Green Velo”, który rozpoczyna się (lub kończy) nad Zalewem Wiślanym w Elblągu i przebiega przez województwa: Warmińsko-Mazurskie, Podlaskie, Lubelskie, Podkarpackie i Świętokrzyskie.
