Schon im Mittelalter war Stoczek ein Ort der Verehrung Mariens und auch der Quelle, die sich in der Nähe befand und von der sich der deutsche Name „Springborn“ ableitet. Dieser wurden Heilkräfte zugeschrieben. Das Dorf Springborn wurde 1349 vom damaligen ermländischen Bischof Hermann von Prag gegründet. Der Ursprung des Klosters wiederum war eine Kapelle, die Jahrhunderte später an diesem Ort erbaut wurde.
Eine mündlich überlieferte Legende besagt, dass einst zwei Kinder an dieser Stelle bei der Heuernte eine kleine Marienfigur in einer Baumhöhle fanden. Die Bewohner des Ortes wollten ihr eine Kapelle bauen, doch am nächsten Tag war die Figur verschwunden und befand sich wieder am Fundort. Erneut nahm man sie aus der Baumhöhle und stellte sie in der Kirche auf und erneut fand man sie am nächsten Tag dort, wo sie gefunden wurde. Der Priester begriff dies als ein Zeichen, an genau diesem Ort eine Kapelle zu bauen. Die Marienfigur wurde leider während der Reformation zerstört.
Belege für die Entstehung der Klosteranlage stammen aus dem 17. Jahrhundert. Als im Dreißigjährigen Krieg das Ermland im Norden von den protestantischen Schweden angegriffen wurde, beschloss der Bischof von Ermland, Mikołaj Szyszkowski, eine Kirche zu errichten, sobald Frieden einkehren würde. Und tatsächlich ließ er von 1639 bis 1641 den „Friedenstempel der allerseeligsten Jungfrau Maria zu Springborn“ an dieser Stelle auf dem Grundriss eines Kreises erbauen. Zwei Steintafeln mit deutscher und lateinischer Inschrift an den Steinportalen der Kirche erinnern an diese Ereignisse. Bischof Szyszkowski schenkte der Kirche bald eine Kopie des Bildes „Maria Salus Populi Romanum“ (zu dt. Maria, Heil des römischen Volkes), das sich im Original in der Kirche Santa Maria Maggiore in Rom befindet. Mit der Fürsorge um die Wallfahrtskirche in Stoczek wurden die Bernhardiner (Franziskaner) aus Wartenburg aus Ermland betraut.
Der immer größer werdende Pilgerstrom wurde jedoch ab 1772 von der preußischen Regierung eingeschränkt, bis schließlich im Jahre 1810 die Enteignung des Klosters im Zuge der Säkularisation erfolgte. 1841 wurde das Kloster auf Bitten des Bischofs Josef von Hohenzollern an die Kirche zurückgegeben und die darauffolgende Wiedereröffnung des Pilgerortes wurde von tausenden Gläubigen gefeiert. 1920 kamen auch wieder Franziskaner aus Schlesien nach Springborn.
Nach dem Anschluss Österreichs an das nationalsozialistische Deutsche Reich im Jahre 1938 wurden österreichische Bischöfe von den Nazis in Springborn interniert. Als das Ermland nach dem 2. Weltkrieg Polen zugesprochen wurde, wurden viele Deutsche aus ihrer Heimat vertrieben oder ausgesiedelt. 1952 wurde das Kloster von der polnischen kommunistischen Regierung beschlagnahmt und diente sogar ein Jahr lang als Gefängnis für den polnischen Primas Stefan Kardinal Wyszyński.
1956 erhielt die Diözese das Kloster zurück und beauftragte die Ordensgemeinschaft der Marianer mit der Obhut dafür. Es blieb jedoch bis 1972 in staatlichem Besitz, sodass der Orden für die Nutzungsrechte zahlen musste.
Erst danach konnte mit den Renovierungsarbeiten begonnen werden.
Am 19. Juni 1983 krönte Papst Johannes Paul II. in Tschenstochau das Gnadenbild „Maria, Mutter des Friedens“.
Die Kirche Maria Heimsuchung in Stoczek/Springborn wurde am 19. Mai 1987 zur Würde einer Basilika Minor erhoben.
Der Wallfahrtsort Springborn dürfte inzwischen auch in Deutschland, Österreich und der Schweiz bekannt sein. In dem Film „Karol“ über den polnischen Papst Johannes Paul II., der 2006 im deutschen Fernsehen ausgestrahlt wurde, hat das Kloster seinen Platz gefunden.
